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北京有不少优秀的科普动画制作公司，以下是一些推荐：

- **北京光影魔炫科技有限公司**：成立于2016年，是一家专业从事动漫设计、制作和推广的科技文化企业，主要业务方向为历史文化类、科普类主题动漫。其核心团队成员毕业于影视动画专业，先后参与并成功完成了中国科技馆、武汉科技馆、贵州科技馆、海淀科技馆等数个场馆的相关动画制作业务。

- **北京宏京文化有限公司**：于2020年在北京成立，定位为数字化品牌国际运营推广公司。公司专注于本地制作，弘扬中华大国文化，原创IP投资以及全方位知识产权产业合作，拥有多个从心理、音乐、地理到科学全方位的国际教育动画IP，如《科学小兄妹》等。还与中粮营养健康研究院共同打造了中粮儿童健康知识原创动画项目《本草探秘》。

- **北京曼诺林数字科技有限公司**：这是一家从事多媒体虚拟仿真、科普教育软件、科普展品开发制作的专业公司。公司拥有一支专业的开发队伍，在虚拟仿真领域、科学趣味互动游戏、科普动画、及多媒体科普教育软件及产品等方面有着较为独特的设计思想和特点，多项多媒体教育软件获得国家级和部队全军级奖项。

- **北京光影魔炫科技有限公司**：成立于2016年，是一家专业的动画、视频制作公司。公司拥有资深动画师、建模师、特效师等组成的专业团队，精通Maya、3ds Max等三维动画制作软件。业务范围广泛，包括三维动画制作、产品宣传、工业动画、MG动画等，尤其在科研动画制作方面，能为科研机构提供专业解决方案，展示复杂科研成果和实验过程。